ファクタリングを利用する際は手数料が発生しますが、その金額は様々な要因によって変動します。ファクタリングの手数料は2社間では売掛金の10～30％ほど、3社間では売掛金の1～10％ほどが相場となっていますが、取引先の信用度が高いほど手数料が安くなるのが一般的です。ファクタリングでは実際に売掛金の支払いを行うのは取引先なので、審査では取引先の与信調査が重点的に行われます。自己資本比率や利益率、借入件数などの情報を総合的に考慮した結果、売掛金が回収できる可能性が高いと判断されれば手数料は低く設定されます。
売掛金の支払いサイトも手数料を左右する要因のひとつです。一般的に、売掛金の支払いサイトが短いほど未回収リスクは軽減されるので手数料は安くなりますし、逆に支払いサイトが長い場合は未回収リスクが増大するので手数料は高くなります。また、売掛金の譲渡に伴う事務的なコストは、売掛金の金額にほとんど影響を受けません。売掛金の金額が高くても低くても、事務的なコストはほとんど変わらないので、少額の売掛債権でファクタリングを利用すると総体的に手数料が高くなる恐れがあります。
さらに、利用会社の信用度によって手数料が変動するケースもあるので注意が必要です。特に2社間ファクタリングでは売掛金が一度利用会社に支払われるので、利用会社の信用度が低いと未回収リスクに備えて手数料が高く設定される恐れがあります。一方で、面談などの結果、担当者の人柄に問題がないと判断されたり、その会社を何回も利用していたりすれば、手数料を安く設定してもらえる可能性が高まります。